“从这个洞里的样品中，我们第一次检测到了和SARS病毒更相近的SARS样冠状病毒S基因。比起其他的采样地点，云南的这个洞，更值得我们关注。”从这一年开始，云南的这个蝙蝠洞被定为长期采样地点。
一直到2015年10月，每年的春秋两季，研究团队都会到那里去。
研究组在野外作业。中国科学院武汉病毒研究所供图
“春天是蝙蝠的繁殖季节，秋天则是冠状病毒检测出阳性率最高的季节。”胡犇解释。
这个洞穴的温度大约在22℃到25°C之间,，湿度在85% 到90%左右。这里栖息着一个数量庞大的菊头蝠种群。在整个云南，类似的蝙蝠洞其实并不罕见。
黄昏时，研究团队会在洞里的地面铺上一块布，第二天早上收走采集了一夜的新鲜蝙蝠粪便。每粒粪便样本大约1克重，被放在1毫升的收集溶液里，带回实验室，储存在零下80°C的冷冻箱里。在实验室里，样品中的病毒RNA被提取出来。
2013年，中科院武汉病毒研究所实验室，从粪便样品中，分离出第一株蝙蝠 SARS 样冠状病毒的活病毒，它被命名为WIV1(WIV是武汉病毒研究所的英文简称)。它比之前发现的任何一株蝙蝠SARS样冠状病毒都更接近SARS冠状病毒，正是那段相近的S基因，让这株蝙蝠SARS 样冠状病毒能够使用和SARS病毒相同的受体，并能够感染人的细胞。这项成果刊载于2013年11月的《自然》杂志。
第二个里程碑立起来了。
SARS病毒起源问题，终于可以被回答了
成功分离出WIV1，让全球科学家对SARS病毒起源的分歧、争论，变得“趋于一致”。这场已经持续多年的追捕，目标渐渐清晰——SARS冠状病毒起源于菊头蝠。
“但是，我们在云南这个采样点的蝙蝠当中，还没有找到SARS病毒最直接的祖先株。也就是说，在所有的基因上，都和SARS病毒高度相似的一株蝙蝠病毒，我们并没有找到。”按照胡犇的说法，当时的整个证据链上，还有一个信息缺口没填上。
对云南这处蝙蝠洞的采样工作，持续了5年，共10次采集，收集到64份蝙蝠粪便粒和肛拭子样品。研究组从这些样品中，陆续分离出3株活病毒，得到了共计15株蝙蝠SARS样冠状病毒的全长基因组序列。
与造成非典疫情的SARS病毒相比，这15株病毒有的S基因高度同源，个别附属基因不同，有的附属基因高度相似，却在S基因上差异明显。
尽管没有一株病毒与SARS病毒完全相同，研究组却发现，在这15株病毒当中，包含了SARS病毒所有的基因组组分。
“我们考虑到一个可能性——这个蝙蝠种群携带的不同的病毒之间出现了基因重组，产生了SARS病毒。”胡犇说。
2016年2月的一天，针对15株蝙蝠SARS样冠状病毒基因信息的基因重组推导在计算机中开始进行。最终结果证实了研究组的推测。
研究组正在进行样本处理。中国科学院武汉病毒研究所供图
“云南的这个蝙蝠洞，就像一个SARS样冠状病毒基因库。不管是S基因、附属基因还是非结构蛋白基因，SARS病毒的全部基因组组分，都可以在这个天然基因库中找到。”胡犇告诉中国青年报·中青在线记者，“我们在这些蝙蝠SARS样病毒的基因组上多个位点发现了频繁重组的证据，通过进一步分析，我们推测，造成当年疫情的SARS冠状病毒的直接祖先可能通过这些蝙蝠SARS样冠状病毒的祖先株之间发生的一连串的重组事件而产生。”
SARS病毒起源尚存的问题，终于可以被回答了。
研究组提出了猜想：SARS冠状病毒的直接祖先株，在云南或者西南地区的某个蝙蝠种群中出现了。在偶然的情况下，病毒感染了野生果子狸，带病的果子狸被人类被捕捉。也有可能，是携带病毒的蝙蝠接触了当地的果子狸养殖场。当果子狸抵达广东的野生动物市场后，病毒在其体内发生了快速进化，以SARS病毒的最终样态接触到了人类。
然而，一切都只是推测，15年前的那个过程，不可能被还原了。
“这项发现告诫我们，须减少对蝙蝠等野生动物栖息地的侵扰、杜绝野生动物市场交易，这对于防止新发传染病的发生至关重要。” 香港大学微生物学家袁国勇教授对这项研究发表评论称。
“蝙蝠携带的SARS样冠状病毒需要引起我们的重视，但是也无需过度紧张。只要我们和自然栖息地的蝙蝠保持一定的距离，病毒从蝙蝠溢出的可能性很小。”胡犇说，“另外需要指出的是中间宿主，也就是和人类接触机会更多的这些动物，在病毒从自然宿主到人的这个传播链中往往扮演着关键角色。所以说，不光是和蝙蝠保持距离，还需要停止消费果子狸等野生动物，将疾病暴发风险降至最低。”
胡犇把病毒监测与病毒发现工作称为“病毒研究的上游”，能为“下游”的防治工作、诊断方法与疫苗研发以及其它基础研究奠定基础。这项研究意味着，类似SARS的新发冠状病毒病，仍然存在着爆发的风险，为相关疾病的预防提供了依据。
“这回发现的完整的SARS样冠状病毒基因库，可以让疾控专家用软件提前模拟出还没有出现过、很可能出现的、能够感染人类的病毒，我们可以提前研究疫苗，研究对策。”中国科学院院士、中国疾病预防控制中心主任高福对中国青年报·中青在线记者说。
他将SARS疫情之后的中国疾控工作，称为“砥砺前行”，“发生MERS(中东呼吸综合征冠状病毒)疫情的时候，我们就不像2003年时那样了，很快把MERS控制住了。”
2003年5月9日，《中华人民共和国国务院令(第376号)——突发公共卫生事件应急条例》发布，要求建立突发事件应急报告制度，在“发生或可能发生传染病爆发、流行”，以及“发现不明原因的群体性疾病”等情况后，各级政府要在接到报告1小时之内，向国务院卫生行政主管部门报告。
2005年，国家投入116亿元，建立以疾病预防控制机构为中心的疾病防控体系，作为解决突发公共卫生事件的应急系统。
“非典”之后，北京市各级疾控部门都开始针对突发公共卫生事件进行培训和演练。北京市卫计委疾控部门建立了一套24小时不间断运转的传染病监测网络。2012年，北京市投入1.75亿元，为市区两级疾控机构配备仪器装备。
在高福看来，一流的疾控，需要一流的科研成果来支撑，体现在与疾控有关的基础研究和应用研究上。
提到石正丽，他开了个玩笑：“我们都叫她Bat Woman，蝙蝠女侠。”
原标题：专家在洞穴找到SARS真凶蝙蝠 但果子狸也没被冤枉
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