实践中，关于商业秘密侵权行为的认定主要有两种：
一、行政认定
国家工商行政管理局关于禁止侵犯商业秘密行为的若干规定第5条第3款规定，权利人能证明被申请人所使用的信息与自己的商业秘密具有一致性或者相同性，同时能证明被申请人有获取其商业秘密的条件，而被申请人不能提供或者拒不提供其所使用的信息是合法获得或者使用的证据的，工商行政管理机关可以根据证据认定被申请人有侵权行为。
二、司法认定
商业秘密权利人主张他人侵权时不仅要证明对方实施了获取、披露或使用涉讼信息行为，而且要证明该信息来源于自己，如果直接证明信息来源于原告，从实践和证据的角度来看都是非常困难的。为平衡双方的利益关系，司法实践中一般以推定的方式认定：由原告证明双方信息相同以及被告接触原告信息可能的事实，推定被告信息来源于原告，除非被告证明自己信息另有来源。这种推定一般被简称为“相同+接触-合理来源”的认定方式。接触，一般指接触的可能，在有员工跳槽的条件下，只要员工有接触的可能性即推定为信息来源于原告，而接触的内容为原告诉请保护的秘密;合理来源包括公知信息、自行开发、反向工程所得、受让以及不知他人获取、披露非法而使用等，这些均构成被控侵权人的法定抗辩理由。
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