根据《国有土地上房屋征收与补偿条例》的相关规定，对违法建设是不予补偿的，也就是说作为违法建设，建筑物本身的价值灭失及利用违建从事经营、出租等获利行为无法继续的损失不在提起行政赔偿之列。但是如果执法机关在违法建设拆除的过程中程序严重违法，给当事人造成其他的不必要的损失的，根据《国家赔偿法》第二条的规定：“国家机关和国家机关工作人员行使职权，有本法规定的侵犯公民、法人和其他组织合法权益的情形，造成损害的，受害人有依照本法取得国家赔偿的权利”，可以申请国家赔偿。
虽然违法建设本身不能以不动产受到损害为理由获得国家赔偿，但是建筑人对建造建筑物花费的建筑材料、装饰装修以及屋内家具、设备等项目仍然具有单独的合法权利，如果该部分由于执法机关的严重过错造成不必要的损失，对该部分可以以成本价折算成新后获得赔偿。
我们认为，在诉讼中并不能一概以非法利益为由剥夺原告对其合法利益遭受损害请求国家赔偿的权利，因此在行政赔偿案件中，区分合法利益与非法利益十分关键。
理论上来说，行政赔偿获赔的金额应当是政府违法强拆所造成的实际损失与当事人如果自行拆除建筑可能造成的损失之间的差额(参见案例一)，其中视政府强拆过程中具体的违法情况，获赔的情况也不尽相同。
实践中常见的政府部门程序违法导致的损失有以下两种情形。
一、执法部门未履行或未完全履行前置性法律程序就实施强拆。
这种情况说的是执法部门在实施强制拆除前，没有按法律规定作出限期拆除决定、强制拆除决定，也没有经过催告，没有告知当事人进行陈诉申辩、复议诉讼的权利，给予当事人自行拆除的时间过短，或进行突击拆除、夜间拆除等，导致剥夺了当事人自行小心拆除建筑物，尽可能减少损失的机会，以至于损失扩大化。
对于此种情况，法院的做法有两处值得注意。
第一，损失金额以建材价值为准，或者是还要减去当事人自行拆除所不可避免的损失。从理论上来说，以后者为准更为合乎逻辑，但是实际情况中，由于当事人房屋已经被拆除，进行司法鉴定的难度可能较大，所以实际情况中存在直接以建材成本折算成新后酌情予以赔偿。
第二，建材成本的计算范围包括哪些。有的法院认为如砖墙、钢筋、水泥等建材虽然当事人具有合法所有权，但其已经成为建筑物不可分割的一部分，在拆除中无法单独保留其价值，一旦拆除就失去全部价值，不能以成新率计算赔偿，能够获赔的只有门窗、附属装修等可以取下，重复利用率高的部分(参见案例二)。而对于其他的间接诸如交通费等相关费用，法院一般不认为属于直接损失，不予考虑。
第二、执法部门在强拆实施时未尽注意义务导致房屋内财物造成不必要的损失。
此种情况指的是政府在实施强制拆除过程中，没有按规定对屋内财产进行搬离、登记造册、妥善保管，或是因强拆损害了违法建筑范围之外的合法权益。
对于这种情况，根据《行政诉讼法司法解释》第二十七条、《最高人民法院关于行政诉讼证据若干问题的规定》第五条规定，在行政赔偿诉讼中，原告对因受被诉行为侵害而造成损失的事实承担举证责任。《最高人民法院关于审理行政赔偿案件若干问题的规定》第三十二条规定，“原告在行政赔偿诉讼中对自己主张承担举证责任，被告有权提供不予赔偿或者减少赔偿数额方面的证据。”当事人需要对损害的存在承担举证责任，但在实际情况中，由于房屋已经灭失，原告方作为弱势一方，很难对损害数额进行充分的举证，此时，原告只要能对损害事实进行初步举证，符合常情常理，往往能获得法院的支持(参见案例三)，而超出常识常理如果没有确凿证据则不能获得支持(参见案例四)。因此，如果房屋内存在价值超出一般市场价格的家具、设备等的情况，应当在可能的情况下事先留存证据证明其价值，否则法院难以支持。
另外，在强制拆除后，留存的建材物料的所有权归当事人所有，如果政府自行清理，则可以就此要求赔偿(参见案例五)，反之，如果建材残料留存现场，因当事人自身疏于管理以至于生锈、霉变导致损失，则不能因此获得赔偿(参见案例一)
此外，根据《最高人民法院关于行政诉讼证据若干问题的规定》第六十九条规定，原告确有证据证明被告持有的证据对原告有利，被告无正当理由拒不提供的，可以推定原告的主张成立。而政府在强拆过程中往往会使用录像等手段留存有强拆时的证据，可以以此为由要求政府提供，证明原告方的屋内财产情况。
由于《国家赔偿法》修订后，并不要求行政主体行政行为违法才能申请行政赔偿，重心转移至原告合法利益遭受损害应得到救济的层面。所以即使政府不存在程序违法，仍然有可以申请行政赔偿的可能，例如案例一中存在因强拆导致周围苗木枯死以及破坏了建筑周围围墙的情况，如果能举证二者之间存在因果关系，无论强拆是否存在程序违法，都可以就此申请行政赔偿。
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